中国科学院合肥物质科学研究院 (以下简称“合肥研究院”) 坐落在合肥市西郊风景秀丽的蜀山湖畔科学岛上, 面积约 2．65平方公里。合肥研究院正式成立于2003年5月, 由科学岛上原有的4个研究所 (安徽光机所、等离子体所、固体物理所、合肥智能机械所)与原合肥分院合并组成, 成立后又陆续建立中国科学院强磁场科学中心、先进制造技术研究所、技术生物与农业工程研究所、医学物理技术中心、中国科学院核能安全技术研究所、应用技术研究所6个非法人研究单位，与地方政府共建了安徽工业技术创新研究院、皖江新兴产业发展中心、淮南新能源中心、中科院合肥技术创新工程院、合肥离子医学中心, 与安徽省科协共建并负责管理合肥现代科技馆。
合肥研究院主要学科方向包括：磁约束核聚变科学与技术、大气环境探测与监测技术、强磁场科学与技术、先进核能与核安全技术、特殊环境服役材料、机器人与智能装备、现代农业技术、医学物理与技术以及高技术等。当前，研究院在磁约束核聚变、大气环境监测、强磁场科学与技术等学科方向已跻身国际先进行列，部分方向已处在国际领先方阵。
合肥研究院现拥有1个国家工程技术研究中心，1个国家工程实验室，32个省部级重点实验室/工程中心, 承担建设了3个国家重大科技基础设施，包括已建成的全超导托卡马克核聚变实验装置(EAST)和稳态强磁场实验装置，正在建设的聚变堆主机关键系统综合研究设施。牵头建立了合肥战略能源和物质科学大型仪器区域分中心。
合肥研究院是科技部授予的国家创新人才培养示范基地。截至2018年底，共有在职职工2600余人，其中专业技术人员2000余人，包括中国科学院院士2人、中国工程院院士4人、研究员及正高级工程技术人员300余人。
自2014年起，合肥研究院的研究生教育由中国科学院大学调整至中国科学技术大学。现设有14个二级学科博士研究生培养点；设有25个硕士研究生培养点，并设有9个专业学位硕士研究生培养点。截至2018年12月，共有在学研究生1800余人。
2014年，合肥研究院和中国科大联合申请成立了“中科院合肥大科学中心”，该中心于2016年以“优秀”成绩完成筹建。在此基础上，合肥研究院积极推动安徽省、中科院联合申报合肥综合性国家科学中心。合肥综合性国家科学中心于2017年1月10日正式获国家发改委和科技部联合批复，由安徽省人民政府和中国科学院共建，合肥研究院是合肥综合性国家科学中心的核心建设单位之一。
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